Het bestuur van een schuttersgilde is drieledig: (twee) gekozen deken(s) die de aloude structuur van de initiële lekenbroederschappen weerspiegelen, de koning die deze titel bij de papegaaischieting kan veroveren, en de hoofdman die door de stadsmagistraat werd aangesteld om de gilde onder controle te houden.

In de schuttersgilden lijkt bij het ontstaan enkel een deken de leiding te hebben gehad. Hij wordt bijgestaan door raadslieden of ouderlingen, veelal zorgers geheten, en wordt ook uit hun midden gekozen. De deken en zijn zorgers beslechten de geschillen tussen gildebroeders en superviseren de financiën.

De hoofdman werd door de leden gekozen uit de machtige Brugse poortersfamilies die reeds enige generaties een adellijke titel hadden verworven, maar door het stadsbestuur bekrachtigd. Op deze wijze werd de militaire macht van de gilde gekanaliseerd. De opeenvolgende hoofdmannen van de Sint-Sebastiaansgilde, Jacob Breydel, Jacob Adornes,  Jan Breydel en Jacob de Heere waren tevens forestier van het meest illustere gezelschap in Brugge, het Gezelschap van de Witte Beer dat tussen 1380 en 1487 jaarlijks een luisterrijk steekspel organiseerde.

De benoeming tot hoofdman is normalerwijze voor het leven. Sinds de Franse Revolutie wordt hij niet meer geïntroniseerd door de stadsmagistraat, maar wel door de provinciegouverneur.

De Sire of koning wordt bepaald door de behendigheid met de boog op de grote papegaaischieting. De koning stond ceremonieel de eerste in rang, maar kwam enkel tussen in de organisatie van de schietingen.

De oorsprong van deze koningstitel blijft duister. Was dit een uitvloeisel van heidense rituele schietingen op getuide vogels die in een mast waren gebonden?

Antoon van Bourgondië, grootbastaard van Bourgondië en graaf van La Marche, schoot zich in 1463 koning in de Sint-Sebastiaansgilde en werd aldus door Rogier van der Weyden vereeuwigd.

Naast de edellieden, de stadsmagistraten, de Brugse en buitenlandse kooplieden en de hoge clerus, waaronder de proost van Sint-Donaas, waren alle 55 Brugse ambachten vertegenwoordigd in het ledenbestand van de gilden, maar daarnaast ook klerken en griffiers, miniaturisten en verluchters, trompetters en bellemannen, herbergiers en hofnarren, kunstschilders en ivoorsnijders, boekhandelaars en klokkengieters, bloemenvlechters en beddenverkopers, e.d.m. in totaal soms 200 à 300 leden.